首先，外观方面，黄柠檬的表皮较厚且纹理粗糙，肉色淡黄且散发出浓郁清香；而青柠檬的外皮薄且颜色碧绿，表皮光滑，果肉透明，且带有清淡的柠檬香。
其次，口感方面，黄柠檬尝起来比较酸，而青柠檬口感则更顺口，没有那么酸，但带有些许苦涩味。
再次，源地方面，青柠檬主要产自东南亚，东南亚人嗜辣爱酸，青柠檬口味更为尖锐浓烈，可以调出经典的东南亚风味；而黄柠檬主要产自印度、墨西哥、阿根廷和中国。
最后，营养成分方面，两者的营养成分基本相同，只是青柠檬中的柠檬酸和维生素C含量稍高于黄柠檬。
值得注意的是，黄柠檬适合泡蜂蜜水，可以淡化长期电脑工作者的斑点，对皮肤有一定的保养效果；而新鲜的青柠檬不含有化学成分，具有养颜美容降火去热的功效，但比较寒凉且苦涩，主要用于榨汁和烹饪调料，基本不用作鲜食。